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Em vez de limitar-se à prescrição de dietas com os alimentos funcionais tidos como saudáveis (porque o que é saudável para uma pessoa pode causar doença à outra), a Nutrição Funcional rastreia os sintomas, sinais e características de cada paciente e os relaciona com a carência ou excesso dos nutrientes, corrigindo os desequilíbrios nutricionais que geram sobrecarga no sistema imunológico e desencadeiam “processos alérgicos” tardios, os quais acabam por provocar doenças crônicas como: obesidade, depressão, fibromialgia, artrite reumatoide, síndrome do pânico, osteoporose, diabetes, distúrbios de comportamento e hiperatividade infantil, desordens estéticas e alteração na performance física.

A Nutrição Clínica Funcional possui cinco princípios básicos: a individualidade bioquímica, o tratamento centrado no paciente, o equilíbrio nutricional e a biodisponibilidade de nutrientes, a saúde como vitalidade positiva e as interconexões em teia de processos bioquímicos que engloba: os desequilíbrios nutricionais, estruturais e hormonais, o estresse oxidativo, a ecologia gastrintestinal, a destoxificação do organismo, as alterações imunológicas e a interação corpo-mente.